Вторым по значимости и популярности туристическим объектом после христианских святынь является подземная Новоафонская пещера. Это чудо, сотворенное природой было открыто в 1961 году. Однако за свою полувековую историю Новоафонская пещера сумела стать мировой знаменитостью, поскольку является вторым по величине подземельем в мире. Пещера расположена в недрах Иверской горы. О том, как появилась эта огромная воронка, говорят следующее: веками осадки и грунтовые воды размывали недра известковой горы. В результате чего образовалась огромная подземная полость с подземными реками, гротами, воронками и др. Открытие Новоафонской пещеры принадлежит спелеологу Гиви Смыру, которые впервые спустился сюда в начале 60-х годов. После детального исследования пещеры она была открыта для посещения экскурсантами. Туристы приходят в восторг от посещения этого нерукотворного «подземного города». Он занимает площадь более 40 тысяч квадратных метров. На них расположены 9 гигантских залов пещеры (Апсны, Иверия, Нарта, Аюхаа и др.) с глубокими подземными озерами, высокими каменными сводами, каменными оврагами, удивительными сталактитами и сталагмитами, расположенными повсюду. Здесь можно увидеть даже настоящий пещерный каньон, уникальный по акустике пещерный зал, каменный водопад, грот с причудливым камнем в виде оленя. Залы очень красиво подсвечены. Спрятанные в расщелинах скал фонари создают поистине волшебную и таинственную атмосферу.
В 70-х годах для экскурсии по пещере была сооружена не имеющая аналогов в мире подземная железная дорога – «пещерное метро». По тоннелю длиной 1360 м бегает маленький поезд.
